干货利用CRISPRCas9系统在哺乳动

本文介绍了CRISPR/Cas9的工作原理,sgRAN设计以及sgRNA表达质粒的构建,还有构建好的CRISPR/Cas9系统如何在细胞中工作和后续如何筛选编辑成功的永久细胞系。

CRISPR全称clusteredregularlyinterspacedshortpalindromicrepeats(成簇的规律间隔的短回文序列),该系统功能结构由三部分构成,crRNA,tracrRNA和Cas9(Crisprassociatedprotein)蛋白,后为了便于使用,将crRNA与tracrRNA简化,统称为sgRNA(图1)。Cas9具有两个活性酶切位点,RuvC(D10)和HNH(H)活性结构域,因此野生型Cas9剪切能切断DNA双链,若活性位点突变(D10A,HA)将导致该位点酶切活性缺失(Cas9n和dCas9),CRISPR相关衍生基因编辑工具如CRISPRi,CRISPRa,CRISPRmethylation/demethylation等都是对Cas9改造后与相关作用原件形成融合蛋白发挥作用(该部分内容后续将进行系列报导)。Cas9除了发挥酶切活性,还具有寻靶功能:识别基因组DNA上的PAM序列-NGG。Cas9识别PAM序列,sgRNA识别结合靶序列,构成聚合体后,Cas9行使内切酶功能。Cas9切割位点位于sgRNA第17与第18碱基之间即近3’端PAM序列结合的DNA上。

图1CRISPR/Cas9系统结构示意图

切割形成DSB后,主要进行两种DNA修复(图2),由修复模板介导的精确修复即同源修复(HDR)和非同源修复(NHEJ),前者需要设计修复模板,主要用于敲入、替换或精确敲除,后者用于敲除,修复后可能产生缺失、插入和替换等。且HDR效率较低,如何提高HDR效率当前仍是较为棘手的问题。

图2DSB产生后的非同源修复和同源修复

以上是CRISPR/Cas9简介,接下来将系统性介绍如何运用该技术进行基因编辑。以Cas9-sgRNA共表达质PX(pSpCas9(BB)-2A-Puro(PX)V2.0)为例,图3为利用CRISPR/Cas9系统在哺乳动物细胞中进行基因编辑的主要流程图。

图3利用CRISPR/Cas9系统在哺乳动物细胞中进行基因编辑的主要流程图

sgRNA设计及表达载体构建

sgRNA设计在线工具:

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